Ainda vivendo em um mundo que os odeia, os mutantes passam a sofrer uma discriminação ainda maior quando Noturno provoca um ataque ao presidente dos Estados Unidos, quase matando-o. A notícia faz com que a sociedade se manifeste ainda mais contra os mutantes, fazendo com que ganhe força o projeto do registro para os mesmos.
William Stryker, um militar que tem experiência em lidar com seres com o gene X, e uma ligação com o passado de Wolverine, torna-se um dos porta-vozes deste pedido, além de se tornar o responsável por um plano que tem por meta erradicar de uma vez por todos os mutantes.
Com a autorização do presidente, Stryker inicia uma grande ofensiva contra todos eles, invadindo a mansão do Prof. Charles Xavier e forçando que Magneto, que fugiu da prisão, se una a Jean Grey, Wolverine, Tempestade e ao restante dos X-Men para combater Stryker.